Desde 1997, Fe y Alegría asumió la dirección y gestión de una red de centros educativos en 17 caseríos a lo largo de la carretera Iquitos-Nauta, ofreciendo educación en los niveles inicial, primaria, secundaria y formación técnica a través de un Centro Ocupacional Itinerante (COI). El COI surgió en 1994 como parte del Proyecto de Desarrollo Integral de la carretera Iquitos-Nauta, administrado por la AECI, y brindaba talleres técnicos de corta duración según la demanda de los pobladores, iniciando con Carpintería, Industria del Vestido y Cerámica.

En 1997, el COI fue incluido en el Convenio DREL-FYA 47, formalizando su vinculación con el sistema educativo regional.

En 2004, mediante resolución oficial, se regularizó el funcionamiento a partir del 01 de abril de 1998 del Programa Itinerante Ocupacional (PIO) El Milagro en la comunidad de Nuevo Milagro, ampliando su oferta a Asistencia de Cocina, Carpintería e Industria del Vestido.

Posteriormente, en 2008, el CEO Fe y Alegría 46 se transformó en CETPRO Fe y Alegría 46, lo que obligó al PIO El Milagro a reubicar sus plazas docentes dentro del nuevo CETPRO, manteniendo su labor en las comunidades de la carretera Iquitos-Nauta. Finalmente, en 2016, la Dirección Regional de Educación de Loreto reubicó la sede del CETPRO Fe y Alegría 46 al Colegio El Milagro, dentro de la red Fe y Alegría 47. Desde allí, con siete plazas docentes, continúa brindando formación ocupacional en cinco comunidades: Nuevo Milagro, 13 de febrero, Nuevo Horizonte, Ex Petroleros I Zona y Cahuide, en coordinación con las instituciones de nivel secundario de la red.