En el eje de influencia de la carretera Iquitos-Nauta, Fe y Alegría asume desde 1997 la dirección y gestión administrativa y académica de una red de centros educativos de nivel Inicial, Primaria, Secundaria y un Centro Ocupacional Itinerante (COI) ubicados en 17 caseríos.

El COI funcionó desde 1994 (Proyecto de Desarrollo Integral de la carretera Iquitos-Nauta, administrado por la AECI) y ofrecía talleres de formación técnica de una duración trimestral de acuerdo a la demanda y a la disponibilidad de los pobladores de los caseríos de la carretera. Los primeros talleres fueron de Carpintería, Industria del Vestido y Cerámica.

 En 1997, el PIO pasa a ser incluido en el Convenio DREL – FYA 47.  La DREL debe emitir una RD de creación desde esta fecha.

 En octubre de 2004, mediante RDR 04247-2004-GRL-DREL-D se regulariza el funcionamiento de a partir de 1998 del Programa Itinerante Ocupacional El Milagro, ubicado en la comunidad Nuevo Milagro con las siguientes opciones ocupacionales Asistencia de cocina, Carpintería e Industria del Vestido.

 En el año 2008, mediante RD 4367-2008 el CEO Fe y Alegría 46 se convierte en CETPRO Fe y Alegría 46. El PIO El Milagro, al no poder convertirse en CETPRO, tiene que reubicar sus plazas al CETPRO Fe y Alegría 46, desde donde seguía atendiendo a las comunidades de la carretera Iquitos Nauta.

 Desde junio del año 2016 mediante la RD 1508-2016 la Dirección Regional de Educación de Loreto reubica la sede del CETPRO Fe y Alegría 46 a su sede actual ubicada en el Colegio El Milagro de la RED Fe y Alegría 47, contando con 7 plazas docentes que atiende en 5 comunidades de la red, en alianza con las IE de nivel secundaria de la red Fe y Alegría 47: Nuevo Milagro, 13 de Febrero, Nuevo Horizonte, Ex Petroleros I Zona y Cahuide.